Du nouveau avec Zotero

Retour sur Zotero

Au mois de février, on a fait un atelier sur le petit logiciel bibliographique libre, Zotero, qui fait trembler les plus gros mastodontes du secteur (EndNote pour ne pas le nommer). Il permet de récupérer des notices bibliographiques auprès des éditeurs qui les fournissent et de ce constituer une banque de notices. Il est possible d’ajouter des marqueurs (mots-clefs), de lier le document pdf associé à la notice si disponible, de rajouter des notes, de constituer des collections, d’exporter notre bibliothèque de notices dans différents formats…
Lors de l’atelier du mois de février, on a défriché Zotero : pour savoir comment l’installer, comment moissonner des notices bibliographiques tout en naviguant, et comment assurer sa portabilité entre différents ordinateurs ou différents logiciels.

Comment l’installer

Requis : Mozilla Firefox 2.0 (configuration logicielle minimale pour la version 1.0) ou Mozilla Firefox 3.0 pour la version bêta de Zotero.
Allez sur le site officiel de Zotero et téléchargez la version stable (1.0) ou non stable (dont il va être question plus loin).

Moissonner des notices

  • En allant sur les sites d’éditeurs scientifiques :
    Vous cherchez la référence qui vous intéresse. Une fois trouvée, vous regardez dans la barre d’adresse à gauche : une petite icone ressemblant à une page ou un livre (suivant la ressource trouvée). Vous avez plus qu’à cliquer dessus : la notice est collectée par Zotero.

  • Avec GoogleScholar :
    Configurer GoogleScholar: dans les “préférences avancées”, cocher dans la section (en bas) “Gestionnaire des bibliographie” :
    ConfigGS

    Pourquoi choisir le format de notice bibliographique EndNote : Parce que ce logiciel propriétaire étant le leader sur le marché, la grande majorité des éditeurs scientifiques fournissent la notice selon les spécifications d’EndNote et pas forcément selon d’autres spécifications. Bref, cela permet de maximiser les chances de pouvoir accéder à des notices et surtout aux renseignements bibliographiques que comporte la notice.
    Une fois que ceci est fait, lorsque vous cherchez sur GoogleScholar des articles, les résultats de requêtes comporte un lien : “importer vers EndNote”. Si vous cliquer là-dessus, la notice va dans Zotero.

  • Avec les catalogues de bibliothèque
    Tout comme les catalogues d’éditeur en ligne, les catalogues de bibliothèque permettent aussi de récupérer les notices bibliographiques de la même manière : en cliquant sur la petite icône dans la barre d’adresse.

Gérer ses notices dans Zotero

  • Faire des collections à partir de la bibliothèque
  • Rajouter des marqueurs/mots-clefs
  • Afficher les marqueurs et filtrer ainsi les notices bibliographiques
  • Chercher une notice
  • Exporter ses notices (plusieurs formats, pour exporter vers un autre zotero, choisir Zotero RDF ; pour exporter vers une base de données EndNote, choisir RIS)
  • Faire des rapports bibliographique html.
  • Présenter ses collections de notices ou sa bibliothèque sur une frise chronologique

Utiliser sa base Zotero pour OpenOffice Writer

  • Installer le module pour openoffice d’integration de Zotero
  • Ouvrir Firefox et OpenOffice Writer conjointement
  • Choisir le format de référence (Styles bibliographiques) : correspond à comment vous voulez que la référence apparaisse dans le corps du texte et dans la bibliographie à la fin du texte.
  • Insérer au fur et à mesure de l’écriture de votre texte, les références bibliographiques (possibilité d’oter le nom des auteurs, de mettre le numéro de la page ou le numéro du chapitre, de mettre plusieurs références (sources multiples))
  • Générer la bibliographie à la fin.
    Il est possible aussi de mettre la même extension d’integration de Zotero dans Microsoft Office Word.

La nouvelle version de Zotero : un service

Avec cette nouvelle version, on n’a plus besoin de transporter avec nous la base de données zotero (ni le profil Firefox) si on fonctionne avec plusieurs ordinateurs. La nouvelle version permet de synchroniser notre base locale sur notre ordi dans notre Firefox avec un serveur sur lequel on s’est enregistré un compte.
Ce service est bêta, il conseille cependant de continuer à sauvegarder pour plus de sécurité en parallèle nos notices.
Mais c’est une grande amélioration en perspective.

Après 2 mois d’essais, la nouvelle version fonctionne à merveille. La synchronisation entre ordinateur via le serveur de Zotero est simplement géniale. De plus, les notices bibliographiques sont toujours accessibles via le net. La synchronisation n’est pas la seul nouvelle fonctionnalité: plusieurs autres peites fonctions ont été rajoutées.

  • Possiblité d’annoter en format RTF et effectuer nos fiches de lecture en parallèle. Il est désormais possible de souligner, mettre en surbrillance, ajuster la grosseur des caractères des notes. Cette fonction est un plus pour ceux qui prennent beaucoup de note et désire rendre leur présentation plus claire.

  • Possibilité de gérer les collections avec beaucoup plus d’aisance. Désormais les collections fonctionnent comme des étiquettes. Il est possible de mettre une notice dans plusieurs dossiers sans qu’elles ne se retrouvent démultiplier dans la librairie générale. Il est aussi possible d’exporter seulement une collection, ou encore de faire une bibliographie à partir d’une collection. Cette flexibilité est bienvenue.

  • Possibilité d’ajouter une notice par son ISBN

  • Possibilité de travailler avec d’autres personnes à l’aide de groupes de recherches, publics ou privés. Les données sont synchronisées sur leur serveur. En effet, la version bêta amène à ouvrir un compte sur les serveurs de Zotero. Nos données bibliographiques y sont stockées. Il est possible de personnaliser son compte en faisant savoir quel est notre domaine d’étude ou d’intérêt, de partager ou pas sa banque de données bibliographiques, et de créer des groupes d’intérêts avec d’autres utilisateurs.

  • Plus stable pour Firefox 3.5Beta

On arrête pas le progrès!

Pour passer à la Bêta, quelques “bonnes” pratiques

Avant de passer de la version 1 à la version 2bêta de zotero

  1. faire une sauvegarde de la base de données que l’on veut conserver (si plusieurs ordis utilisés, choisir la version de la base de données la plus actualisée) en format zotero rdf pour ne rien perdre.

  2. s’ouvrir un compte zotero qui nous permettra d’avoir un espace sur les serveurs de Zotero
    https://www.zotero.org/user/register/

Attention le nom d’utilisateur et le mot de passe qu’on utilise vont être utiles dans la configuration de la version 2bêta de zotero (donc les garder sous le coude)

Passage de la version 1 à la version 2bêta2

Attention : Si vous avez debian et que vous utilisez openoffice 2.4 comme traitement de texte, l’intégrateur de citation en mode alpha (extension zotero pour OpenOffice) ne fonctionne pas encore. Pour ma part, je vais utiliser la base de données en l’exportant en format bibtex et utiliser un traitement de texte lateX.

  1. Télécharger la version 2bêta5 (si déjà une base de données zotero, ça va upgrader automatiquement)
    Informations concernant l’installation : http://www.zotero.org/support/installation

  2. Fermer firefox, rouvrir firefox (plusieurs fois au besoin)

  3. Configurer Zotero 2
    Dans le menu de configuration (l’icone en forme de rouage)
    Préférences > sync

  • Onglet settings : le userneme choisi pour le compte sur le service zotero et le mot de passe…
    décocher sync automatically si coché (moi je lance la synchronisation quand j’ai terminé ma journée.)
    Concernant la partie storage server, c’est uniquement quand on a un serveur personnel (ou avec des infrastructures de l’université), si on n’en a pas, on laisse tout par défaut

  • Onglet reset : deux choix :
    restore from zotero server
    ou
    restore to zotero server
    Si on n’a pas encore envoyé la base de données au serveur, c’est la seconde option qu’on choisit. La base de données locale va aller se stocker sur le serveur distant. On peut aussi utiliser cette option quand on veux effacer tout ce qu’on a stocké sur le serveur par la base de données locale actuelle.

Par exemple, j’ai passé la journée à nettoyer toute ma base de données locales (effacer les doublons, ajouter les informations manquantes etc.), je vais donc écraser la base qu’il y a sur le serveur depuis plus de 6 semaines avec celle-ci toute nettoyée, que je vais ensuite restaurer sur les autres postes que j’utilise avec la première option “restore zotero from server”

Récapitulons: Première option “restore from zotero” synchronise les bases de données de telle sorte que la base de données du serveur envoie ses données (modifiées par rapport à la base de données locale) à la base de données locales.
La seconde, c’est l’inverse qui se passe lors de la synchronisation, c’est à dire que la base de données locale écrase celle sur le serveur.
Enfin, il faut savoir que le bouton sync sur la droite (la flèche verte qui tourne) ne procède la synchronisation que dans un seul sens : du serveur vers la base.

Autres nouveautés

  • la distinction entre champs et marque-pages dans les préférences de l’extension intégratrice des citations de Zotero : les champs sont exclusifs à MS Word, tandis que les marque-pages fonctionnent inégalement et dans Open Office et dans MS Word.

Petits problèmes non résolus

  • Compatibilité entre les citations (champs) créées dans un document MS Word et leur migration dans Open Office (fonctionne avec les marques pages)
  • Installation du plugin Word integration avec Mac MS Office 2008 en français.
  • Installation de l’extension Intégration Zotero pour OpenOffice 2.4 avec Debian : extension en mode alpha ne fonctionne pas. Mais fonctionne avec OpenOffice3.1 dans les autres systèmes d’exploitation (macosX et windows).